Ante Querétaro, Gustavo Matosas inició su andadura al frente de Atlas. El uruguayo vivió su cuarto estreno en la banca de un equipo en la máxima categoría del fútbol azteca, luego de haber entrenado anteriormente a Querétaro, León y América. Siempre comenzó con buen pie, saliendo airoso de esos estrenos al frente de los equipos. Con Los Zorros, sufrió su primer descalabro en un estreno con un equipo.
Su primer equipo en la máxima categoría del fútbol mexicano fue Querétaro, al que dirigió por vez primera en el Torneo Clausura 2011. El estreno del uruguayo con los queretanos fue en la primera fecha del certamen, ante Tigres UANL en La Corregidora. El juego se saldó con igualada a dos goles. Con un doblete de Carlos Bueno, Querétaro comenzó ganando el duelo por 2-0. Sin embargo, los felinos igualaron en la segunda parte, con goles de Danilo Verón y Lucas Lobos.
En el Torneo Apertura 2012, Gustavo Matosas vivió un nuevo estreno en la máxima categoría. Tras ascender con León, el uruguayo debutó en la banca de La Fiera en la Liga Mx ante Querétaro, en La Corregidora. Los esmeraldas sumaron los tres puntos en aquel juego, tras imponerse por 0-2. Hernán Burbano adelantó a León en el minuto 3, sentenciando el juego Edwin Hernández, con un gol en el minuto 91.
El tercer estreno de Matosas al frente de un equipo mexicano llegó ante León, en la primera fecha del Torneo Clausura 2015. Ante su ex equipo, el uruguayo comenzó al frente de América, en un juego en el que sumó la victoria por 3-2. Oribe Peralta (en dos ocasiones) y Quintero, fueron los autores de los goles azulcrema. Por La Fiera, anotaron Moisés Velasco en propia puerta y Mauro Boselli.
Una buena racha que se truncó en el comienzo del Torneo Apertura 2015 ante Querétaro. El equipo del uruguayo cayó ante los emplumados por 0-2 en el estadio Jalisco, con goles de Emmanuel Villa y Camilo Sanvezzo. Con Atlas, Matosas no pudo estrenarse con bien pie.
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